兒童腦瘤有許多類型（types)／分子分型、亞型（subtypes)、和異差性，同時也需根據腫瘤發生部位分類。在治療方面也一樣，需要整合病理分類／分子分類，及相關亞型與惡性度（根據WHO腦腫瘤惡性度分為1-4級)、腫瘤標記（生殖細胞瘤病童血液或腦脊髓液為AFP及beta-HCG的表現)、腫瘤轉移分期（tumor M-stage，一般分為M0-3期;M4,第4期定義為全身性轉移，較為罕見)、及是否合併水腦症等，整體考量腫瘤危險（風險）分層（risk stratification）作為治療策略依據。

治療策略原則上分為低惡性度（WHO 第1-2階惡性度腫瘤，生長慢，相對良性)及高性度腦瘤（第 3-4階惡性度腫瘤， 生長快、惡性、易復發、轉移比率較高）。

良性瘤，治療策略是以手術切除為主，後續的治療策略分為觀察、傳統化療、標靶治療（目前良性膠質瘤主要是針對致病癌性融合基因及融合澈酶蛋白抑制劑），放射線治療是最後手段。因為腦部放射線治療會造成長期及永久性心智功能影響、大幅度增加腦中風危險、後續性原發性腦瘤（subsequent primary neoplasm/secondary tumor)、及生長發育影響。

惡性瘤手術切除後的基本治療策略是以放射治療為基調的綜合治療。重點是要根據該腫瘤的風險分層（risk-stratification) 給予有效而適切（不多、不少）的放射治療及化療。腫瘤分子診斷，在兒童腦瘤越來越重要，是精準診斷、預後、治療、及標靶治療的重要指標。精準診斷、精準治療是兒童腦瘤適切治療的精髓，能夠保護腫瘤惡性度較低的病童，避免或降低治療造成的影響，讓病童與家人都能擁有快樂健康的生活。